Не обязательно, чтобы при установке на локальный диск, файлы мануала находились в корне.
Для того, чтобы мануал мог работать в любом каталоге жесткого/сетевого диска, нужно во всех htm-файлах в корне мануала заменить value="/ на value=", т.е. убрать / из пути к pdf-файлам.
Сделать это можно, например, с помощью бесплатного текстового редактора PsPad